这两个地区的主要差别为大陆东南亚的语言属于汉藏、南亚及侗台语系，该地区的人的生活方式围绕在陆地；岛屿东南亚的语言为南岛语系(也就是马来语)，人们生活离不开海洋。

　　这两个地区最初都盛行佛教——佛教从印度经陆路传入大陆东南亚，岛屿东南亚则通过海路(经商)传入。岛屿东南亚地区在8世纪至12世纪时曾出现过一个称为室利佛逝 Srivijaya 的统一佛教王朝，在当时甚至是东南亚佛教的中心。室利佛逝鼎盛时的势力范围涵括整个苏门答腊及马来半岛，甚至延伸到今天泰国的克拉地峡地区。

　　然而，话说天下大事，合久必分，分久必合，室利佛逝在12、13世纪后开始没落，这个地区就开始出现许多马来王朝(情况跟中国以前一些朝代灭亡后天下四分五裂的情况类似)，这些马来王朝开始时还是佛教王朝，一直到14、15世纪左右才开始信奉伊斯兰教。

　　前面说到了，岛屿东南亚人的生活离不开海洋，因此海路商业贸易在岛屿东南亚地区非常发达。当时跟岛屿东南亚有经商往来的除了中国商船之外也包括印度及阿拉伯的商船。伊斯兰教就是这样通过商船传入岛屿东南亚的，而关于这个课题(伊斯兰教的传入)的其中一种说法就是来自印度的伊斯兰教商人在岛屿东南亚各地进行贸易活动时也进行传教活动。

　　伊斯兰教“登陆”岛屿东南亚后，一些马来王朝的君主(其中一位就是马六甲第三任苏丹莫哈默。沙)纷纷改信伊斯兰教并将其定为国教，伊斯兰教因而大大地被推广到马来半岛各地。

　　值得一提的是，菲律宾在西班牙人前来殖民之前也是信奉伊斯兰教的(菲律宾和马来西亚、印尼的传统语言、生活方式都非常相似，麦哲伦的一位来自马六甲奴隶跟他的船队西渡太平洋抵达今天的菲律宾后竟然能用马来语跟当地土著沟通，甚至还可以当麦哲伦船队与土著之间的翻译)，只是后来西班牙人建立殖民地后强势推行天主教才让伊斯兰教成为少数宗教。